海巡活動中，媽祖及眾神明神轎組成22艘船的海上巡香隊伍，沿途經過林園、中芸、紅毛港、旗津、左營、蚵仔寮、彌陀、永安、茄萣等地，接受沿岸信眾及廟宇的鳴炮與迎接。由於活動規模龐大、具備獨特的民俗價值，2013年「林園鳳芸宮媽祖海巡」被登錄為高雄市定民俗。

林園與安平的海巡會香傳統可追溯至百年前，當時中芸漁民長期往來安平海域捕魚，時常至安平靈濟殿參拜。後來，因感念神明庇佑，中芸漁民創建「靈帝殿」，並迎請靈濟殿的何府千歲供奉，奠定了兩地的宗教淵源。

日治時因戰亂，安平開台天后宮的媽祖曾暫時奉祀於靈濟殿，促成了媽祖與何府千歲共同會香的傳統，進而發展成今日的媽祖海巡活動。依傳統，鳳芸宮海巡船隊抵達台南安平港後，由安平靈濟殿、開台天后宮等宮廟的神明乘船至外海迎接，形成壯觀的「海上迎神」場面。

這次鳳芸宮媽祖海巡活動啟航，除了22艘船隊外，另有20多台遊覽車載送此地信眾一起到台南共同會香祝賀。上午送船出海給予祝福的貴賓眾多，包括海洋局長黃登福、市議員王耀裕、台塑高管處協理楊志成、高管處處長葉文助及林園分局長陳義宏等人。其中，高雄史博館館長李文環、議員李雨庭、邱于軒、林園區長簡水彬及新興區長陳靜蘭等都隨船出海會香，一起見證四年一次海上巡香盛典的歷史時刻。